En matière pénale, la Cour supérieure se compose d'un juge et de 12 jurés. Ce n’est qu’exceptionnellement qu’un juge de la Cour supérieure entendra une cause criminelle sans l’aide d’un jury. La Cour supérieure est la seule à pouvoir s’occuper de certaines accusations comme le meurtre, la trahison et la piraterie. La personne accusée de l'une de ces infractions sera automatiquement jugée par un tribunal composé d'un juge et d'un jury.

Autrement, pour la plupart des infractions punissables par mise en accusation (c'est-à-dire une infraction considérée comme un acte criminel, la personne accusée aura toujours le choix de subir son procès soit en Cour supérieure, soit devant un juge seul, auquel cas il sera jugé devant la Cour du Québec, Chambre criminelle et pénale. Si la personne accusée ne fait pas ce choix, on prendra pour acquis qu’elle a choisi d'être jugée en Cour supérieure devant un juge et un jury.

En plus d’entendre ces procès, la Cour supérieure doit également s’occuper des appels de décisions rendues par la Cour du Québec en matière sommaire ou par les cours municipales au sujet de certaines infractions.